Deux remarques préalables :
La paroisse comprend, depuis 2003, une ville et deux villages : La Chaux-de-Fonds, Les Planchettes et La Sagne. L’histoire de la paroisse s’étend donc à ces trois communes.
En outre, la paroisse est plus ancienne que la Réforme, introduite en 1530 par Farel dans la Principauté de Neuchâtel, et en 1536 dans la Seigneurie de Valangin.
Etudier l’histoire de la paroisse implique donc de se pencher d’abord sur La Sagne, en particulier, puisque ce village, avec Le Locle, forme « Le Clos de la Franchise », c’est-à-dire un territoire composé de ces deux vallées dans lequel les habitants bénéficiaient du statut de francs-habergeants (La Chaux-de-Fonds n’était alors qu’un hameau.) Autrement dit, à l’image de ce qui se pratique aujourd’hui pour inciter des entreprises étrangères à s’installer dans le canton, ces habitants étaient dispensés d’une partie des impôts qui accablaient le reste de la population.
Un document de 1351, en latin, mentionne deux chapelles, au Locle et à La Sagne, cette dernière dédiée à Sainte-Catherine. Elles appartiennent à la même paroisse. On ne sait pas où se trouvait cette première chapelle. La Sagne comptait environ 250 habitants.
En 1416, suite à une visite diocésaine, il est précisé que le curé vit en concubinage, situation courante à l’époque ! En 1499, la paroisse est séparée en deux, officiellement : Le Locle et La Sagne. Quant à l’église actuelle, la plus ancienne des Montagnes neuchâteloises, elle est construite entre 1521 et 1526.
Au milieu du XVe siècle, les francs-habergeants de La Chaux-de-Fonds se rendent à l’église à La Sagne ou au Locle, voire à Cernier, dans des conditions difficiles, surtout en hiver. A cette époque-là, la communauté est rattachée officiellement à la paroisse de Cernier, ce qui n’est pas étonnant si l’on considère que le peuplement des Montagnes, dû à l’explosion démographique (toute relative) d’alors, s’est fait principalement depuis le Val-de-Ruz. Les liens entre La Chaux-de-Fonds et La Sagne vont se prolonger longtemps, car un bon nombre des habitants de La Chaux-de-Fonds viennent du Clos de la Franchise.
La première chapelle de La Chaux-de-Fonds est construite vers 1523, sur la colline de l’actuel Grand Temple ; la paroisse aurait été fondée en 1517. Jehan Bard en fut le premier curé. L’édifice est consacré en 1528 et dédié à Saint Humbert.