Le XXe siècle s’ouvre sur un drame, pour l’Eglise : en 1919, le Grand-Temple prend feu. Il est gravement ravagé, mais la reconstruction ne tarde pas, et l’édifice prend le visage que nous lui connaissons aujourd’hui.
Le XXe siècle est marqué par deux mouvements contradictoires : expansion jusque dans les années 70, à l’image de la ville très prospère surtout après la Deuxième Guerre Mondiale, puis diminution du nombre de protestants dans une ville traversée par plusieurs crises économiques : la ville se dépeuple d’une partie de sa population traditionnelle ; l’immigration qui suit les années 70 est essentiellement le fait d’étrangers catholiques.
L’expansion conduit l’Eglise nationale à décider la construction du Temple de l’Abeille (1904). C’est que la ville se développe à l’ouest.
1943 est une date-clé dans l’histoire de l’Eglise neuchâteloise : les deux Eglises nationale et indépendante décident de fusionner. L’EREN (Eglise réformée évangélique du canton de Neuchâtel) naît de cette fusion.
Après la fusion, le district compte trois paroisses : La Chaux-de-Fonds, La Sagne, les Planchettes. On s’aperçoit rapidement que la paroisse de La Chaux-de-Fonds est trop grande, difficilement gérable, et il est décidé, au début des années 60, de la scinder en entités plus petites, collaborant cependant étroitement au sein d’une Fédération des paroisses réformées, pilotée par un Consistoire. Ces paroisses se groupent autour de leur lieu de culte : Grand Temple, Farel (ancien temple indépendant), Abeille, Eplatures, puis, en 1969, les Forges et enfin, en 1972, Saint-Jean. En ce temps-là, la conviction était partagée qu’il fallait disposer d’un temple dans chaque quartier.
La période qui suit est difficile : le nombre de réformés diminue, et l’attachement à l’Eglise, à la foi chrétienne, régresse. Plus que l’athéisme, c’est l’indifférence qui progresse. Au niveau cantonal, l’Eglise répond à ce défi en se lançant dans une vaste restructuration, nommée EREN 2003. Le nombre de paroisses diminue drastiquement, passant de plus de 60 à une douzaine actuellement. La paroisse La Chaux-de-Fonds est une seule entité, incluant La Sagne et les Planchettes.
Pour faire des économies, la paroisse est amenée à se séparer de certains temples : le temple allemand, qui n’est plus utilisé depuis 1973, est vendu à la Commune en 1982, le temple des Eplatures, propriété communale, est remis officiellement à l’autorité civile en 2013, le temple des Forges est vendu en 2014 et le temple de l’Abeille en 2015. Restent à la paroisse le Grand Temple, l’édifice historique des débuts, le temple Farel (ancien temple Indépendant) et le temple Saint-Jean. La paroisse, soucieuse d’être avant tout un lieu de vie spirituelle, réfléchit actuellement à ses besoins, en fonction de ses finances et du nombre de ses fidèles.