La population s’accroissant, il faut agrandir l’église à plusieurs reprises. Elle est dotée d’une cure, entretenue par la communauté ; il en est de même à La Sagne.
La Vénérable Classe des pasteurs est un des corps constitués importants dans la Principauté. Conservatrice, elle se refuse à tout changement, et veille sur l’unité de doctrine de l’Eglise et la moralité. Des Consistoires admonitifs sont établis partout et veillent au respect des bonnes mœurs : pas de luxe ostentatoire (perruques, vêtements), pas de danses sauf en des circonstances exceptionnelles, interdiction de fumer, de travailler le dimanche…
Evoquons brièvement l’affaire du pasteur Ferdinand-Olivier Petitpierre, qui témoigne de cette rigidité dogmatique, et qui concerne à la fois La Sagne et La Chaux-de-Fonds, au milieu du XVIIIe siècle. Ce ministre prêche la non-éternité des peines, aux Ponts-de-Martel, puis à La Sagne. La Vénérable Classe décide de le déplacer à La Chaux-de-Fonds, et exige de lui qu’il renonce à sa « fausse » doctrine. Mais il ne peut s’empêcher de recommencer. Il est finalement réduit à l’état laïc, renvoyé. Il finira sa vie comme précepteur à Londres. Cette affaire a semé le trouble dans la communauté de La Chaux-de-Fonds, qui prend sa défense auprès du roi de Prusse, prince de Neuchâtel depuis 1707.
A cette époque, l’Eglise joue un rôle essentiel dans la vie de la cité, notamment au plan scolaire. Les écoles communales sont embryonnaires, souvent privées, et leur fréquentation est facultative. Mais les pasteurs exercent un contrôle étroit sur leur fonctionnement, et veillent à ce que les régents (très mal rémunérés, et chargés de tâches annexes, comme sonner les cloches ou chanter les psaumes au culte) dispensent l’enseignement religieux. Les élèves apprennent à lire dans la Bible.
En 1794, un incendie ravage La Chaux-de-Fonds. Le temple brûle. Il est reconstruit « plus beau qu’avant » : il prend la remarquable forme elliptique qu’on lui connaît.